Natamycin digunakan sebagai pengawet dalam industri makanan. Zat ini umumnya digunakan dalam pengawetan berbagai produk makanan, seperti keju, daging olahan, dan makanan panggang. Natamycin efektif melawan berbagai macam jamur dan khamir, menjadikannya pilihan populer untuk mencegah pembusukan dan memperpanjang masa simpan makanan yang mudah rusak.